... Возможно ли?
PS: в запросе - связанные таблицы (Справочник и РегистрСведений)

Забей, лучше основную таблицу верни обратно

да, иерархия будет по таблице которая указана как "основная" в произвольном запросе и имеет связь "родитель/подчиненные"

то есть делаешь основной таблицей справочник и будет работать

(2) а где устанавливать связь "родитель/подчиненные" ?

в настройках справочника "иеархический" и "подчиненность группы/элементы"