Можно-ли в ПКС изменить/установить ключ поиска у всех документов, а не перебирать их по одному?

Похоже что никак. Только вручную.

Испоьзуй глобальный обработчик "Перед конвертацией объекта"

(0) тебе один раз или при каждом обмене по условию какому-то?