Если поменять текст построителя запроса, даже просто присвоить туда обратно исходный текст, перед выполнением даже построитель при попытке посмотреть его в табло виснет, т.е. что-то в нем нарушается.
Менял текст построителя перед выполнением. Возможно, нужно восстановить настройки построителя: ПолучитьНастройки перед изменением текста и УстановитьНастройки после.