Обратил внимание, что в толстом клиенте параметр "Конец периода" содержит время. Вот можно чтобы при установке этого параметра время становилось на конец дня, а ещё лучше границу туда запихать возможно?

Юзай СтандартныйПериод. Т.е.:
1. В параметрах у тебя НачалоПериода и КОнецПериода
2. Добавляешь параметр Период с типом СтандартныйПериод.
3. У параметров НачалоПериода и КОнецПериода блокируешь доступность и в выражении им пишешь &Период.ДатаНачала и &Период.ДатаОкончания соответственно.
4. Крутишь Стандартный период как душе угодно, он много че умеет.

Единственное что - насчет границы не уверен. По идее ВТ Остатки у тебя даже со стандартным периодом будут формироваться на начало секунды, а не на конец.

Либо, если по простому - в выражении для параметра КонецПериода пишешь КОНЕЦПЕРИОДА(КонецПериода, "ДЕНЬ")

(1,2) Разобрался, по-простому. В дальнейшем стандартный период поюзаю
Спасибо!