Добрый день!
    При обновлении конфигурации в центральном узле происходит регистрация изменения, после этого сообщения к периферийным ИБ содержат измененную конфигурацию.
1.    Возможно ли отключить либо удалить эту регистрацию для того, чтобы конфигурация не передавалась  в периферийные ИБ?
История вопроса. Чтобы не тратить время на выгрузку - загрузку сообщений с измененной конфигурацией, я применяю прямое копирование центральной базы в периферийную, потом настраиваю обмен. Таким образом, все изменения в периферийной ИБ уже есть, но в первое сообщение из центральной все равно записывается конфигурация.
2.    Возможно ли временное полное отключение регистрации любых изменений в центральном узле программным путем и затем включение вновь?

Раздели передачу данных и передачу конфигурации по разным планам обмена (первый без галочки, второй - с галочкой).
Либо второй план обмена вообще не используй (с галочкой который).

Таким образом, на первый вопрос ответ в галочке плана обмена.
На второй вопрос: невозможно, но можно программно управлять объектами, зарегистрированными на узле (убирать их и добавлять в "очередь")

(0) 1. не возможно. Регистрация изменений конфигурации не управляема вообще со слова шопестец.
2. технически возможно - регистрацией можно управлять, но это тебе много кода воротить придется, ибо готового решения нет. Но есть воркараунд - таблицы регистрцииизменений всех объектов доступны для чтения и записи и есть туева хуча обработок по управлению регистрацией.

кстати, в первой задаче смысла-то и нет. Если хочешь сэкономить на передаче первого сообщения из центра на филиал, то проводи первый обмен до того, как передашь ПБ в ту сеть, где она эксплуатироваться будет.