Нужно при загрузке документов в базу приемник проставить собственную нумерацию документов по порядку.
Т.е. в источнике:

001
002
004/1
006
005/2

в базе приемнике:

00001
00002
00003
00004
00005

Подскажите как это сделать?

Галочка "Генерировать номер или код если он не задан", ну и не переносить номер

(1) Тогда при каждой загрузке нумерация документов будет новая. А мне нужно что бы затем можно было найти по этому номеру документ при следующей загрузке.

(2) Новая не будет - ищи не по номеру, а по внутреннему идентификатору

(3) Хмммм, я по нему и ищу то в принципе.
Ладно попробую что получится.

+3 на крайняк - добавить реквизит "Номер в Источнике" и искать по нему

(5) Я так и решил сделать, что бы потом было можно сопоставить где какой документ.

(6) может даже лучше и уид из источника лучше, точнее будет

Писать номер в дополнительный реквизит/дополнительное сведения