В отчете есть поле склад. Игнорировать null. Когда я программно формирую отчет, эту галочку нужно программно снять. Как это можно сделать?

(0) Сделать еще один макет СКД, где эта галочка снята.

А программно в компоновщике макета можно такое сделать?

Надо схему менять. Т.е. получать схему, находить нужный набор данных, в нем нужное поле, а уже у него смотреть "Роль", а конкретно вложенный реквизит "ИгнорироватьЗначенияNULL" снимать.