В ЗиК релиза 355 появилась проблема, указанная в заголовке. Решение
в глобальном модуле (типовом):
№ строки
   47551                //Если ПустоеЗначение(СписокВычетовСотра.Получить(ВидВычета.Код))=1 Тогда
   47553                //КонецЕсли;

В случае применения вычетов нарастающим итогом с начала года:
    
   48431 заменить на             СуммыВычетов.УстановитьЗначение(СчВычетов,СуммыВычетов.ПолучитьЗначение(СчВычетов) + СуммаСоциальногоВычета,КодЭлемента);

   48466 заменить на             СуммыВычетов.УстановитьЗначение(СчВычетов,СуммыВычетов.ПолучитьЗначение(СчВычетов) + СуммаВычета,КодЭлемента);
   48467 заменить на             ВычетыТекущие.УстановитьЗначение(СчВычетов,ВычетыТекущие.ПолучитьЗначение(СчВычетов) + СуммаВычета,КодЭлемента);

   48482 заменить на             ВычетыТекущие.УстановитьЗначение(СчВычетов,СуммаВычета,КодЭлемента);
   48483 заменить на             СуммыВычетов.УстановитьЗначение(СчВычетов,СуммыВычетов.ПолучитьЗначение(СчВычетов) + СуммаВычета,КодЭлемента);

   48540 заменить на             СуммаПоВычету = СуммыВычетов.ПолучитьЗначение(СчВычетов);

В случае, когда вычеты предоставляются по месяцам, сделать аналогично.

Может кому пригодится.