есть возврат от клиента со счет фактурой, я возврат конвертирую в поступлениеТМЦ с изменением номера, он нормально.
А СФ получается с документом основания "Объект не найден", как прицепить её к новому документу?

пко для пкс документоснование указано? возврат->поступление?

В ПКС укажи имя другого ПКО, передай туда документ-основание, а в ПКО для СФ заполняй это основание