Вроде думал, что индексируются. Но тогда непонятно, зачем нужна галка Индексировать.

Нет - там регистратор же
А у РС без регистратора - те кто входит в основной отбор

Т.е. у РН по умолчанию индексируется только по регистратору? Понял, спасибо.

Да

(0) v8: Регистр накопления включение индексировать по всем измерениям

Рекомендую почитать профразработку, там вопросы индексирования рассмотрены

http://its.1c.ru/db/metod8dev#content:1590:hdoc