в sql отрабатывает нормально, что может быть?
Платформа 8.3.6.2390

ВЫБРАТЬ
    Налогообложение.Организация КАК Организация,
    ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.ТипыНалогообложенияНДС.ПродажаНеОблагаетсяНДС) КАК НалогообложениеНДС
ПОМЕСТИТЬ Налогообложение
ИЗ
    РегистрСведений.СистемыНалогообложенияОрганизаций.СрезПоследних(&Дата, &ИспользоватьПередачиТоваровМеждуОрганизациями) КАК Налогообложение
ГДЕ
    Налогообложение.СистемаНалогообложения = ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.СистемыНалогообложения.Упрощенная)
;

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 1
    ВидыЗапасов.Ссылка КАК ВидЗапасов,
    ВидыЗапасов.Ссылка КАК ВидЗапасовПродавца,
    ВидыЗапасов.Предназначение КАК Предназначение,
    ВидыЗапасов.Сделка КАК Сделка,
    ВидыЗапасов.Менеджер КАК Менеджер,
    ВидыЗапасов.Подразделение КАК Подразделение,
    ВидыЗапасов.Назначение КАК Назначение,
    ВидыЗапасов.ТипЗапасов КАК ТипЗапасов,
    ВидыЗапасов.НалогообложениеНДС КАК НалогообложениеНДС
ПОМЕСТИТЬ ВозможныеВидыЗапасов
ИЗ
    Справочник.ВидыЗапасов КАК ВидыЗапасов
ГДЕ
    НЕ ВидыЗапасов.РеализацияЗапасовДругойОрганизации
    И ВидыЗапасов.Организация = &Организация
    И НЕ ВидыЗапасов.ПометкаУдаления

ОБЪЕДИНИТЬ ВСЕ

ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 1
    ВидыЗапасов.Ссылка,
    ЕСТЬNULL(ВидыЗапасовПродавца.Ссылка, НЕОПРЕДЕЛЕНО),
    ВидыЗапасов.Предназначение,
    ВидыЗапасов.Сделка,
    ВидыЗапасов.Менеджер,
    ВидыЗапасов.Подразделение,
    ВидыЗапасов.Назначение,
    ВЫБОР
        КОГДА Настройка.СпособПередачиТоваров = ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.СпособыПередачиТоваров.Продажа)
            ТОГДА ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.ТипыЗапасов.Товар)
        КОГДА Настройка.СпособПередачиТоваров = ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.СпособыПередачиТоваров.ПередачаНаКомиссию)
            ТОГДА ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.ТипыЗапасов.КомиссионныйТовар)
        ИНАЧЕ НЕОПРЕДЕЛЕНО
    КОНЕЦ,
    ВЫБОР
        КОГДА Настройка.СпособПередачиТоваров = ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.СпособыПередачиТоваров.ПередачаНаКомиссию)
            ТОГДА ВЫБОР
                    КОГДА ВидыЗапасов.ТипЗапасов = ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.ТипыЗапасов.КомиссионныйТовар)
                        ТОГДА ВидыЗапасов.НалогообложениеНДС
                    ИНАЧЕ ЕСТЬNULL(Налогообложение.НалогообложениеНДС, ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.ТипыНалогообложенияНДС.ПродажаОблагаетсяНДС))
                КОНЕЦ
        ИНАЧЕ НЕОПРЕДЕЛЕНО
    КОНЕЦ
ИЗ
    Справочник.ВидыЗапасов КАК ВидыЗапасов
        ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрСведений.НастройкаПередачиТоваровМеждуОрганизациями КАК Настройка
        ПО ВидыЗапасов.Организация = Настройка.ОрганизацияВладелец
            И ВидыЗапасов.ТипЗапасов = Настройка.ТипЗапасов
            И (Настройка.СпособПередачиТоваров <> ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.СпособыПередачиТоваров.НеПередается))
            И (Настройка.ОрганизацияПродавец = &Организация)
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Налогообложение КАК Налогообложение
        ПО (Настройка.ОрганизацияВладелец = Налогообложение.Организация)
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Справочник.ВидыЗапасов КАК ВидыЗапасовПродавца
        ПО ВидыЗапасов.Ссылка = ВидыЗапасовПродавца.ВидЗапасовВладельца
            И (Настройка.ОрганизацияПродавец = ВидыЗапасовПродавца.Организация)
            И (Настройка.СпособПередачиТоваров = ВидыЗапасовПродавца.СпособПередачиТоваров)
            И (Настройка.Валюта = ВидыЗапасовПродавца.Валюта)
            И (ВидыЗапасовПродавца.НалогообложениеНДС = &ПередачаПодДеятельность)
ГДЕ
    &ИспользоватьПередачиТоваровМеждуОрганизациями
    И НЕ ВидыЗапасов.РеализацияЗапасовДругойОрганизации
    И ВидыЗапасов.Организация <> &Организация
    И НЕ ВидыЗапасов.ПометкаУдаления

ИНДЕКСИРОВАТЬ ПО
    Предназначение
;

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
ВЫБРАТЬ
    ВозможныеВидыЗапасов.ВидЗапасов КАК ВидЗапасов,
    ВозможныеВидыЗапасов.ВидЗапасовПродавца КАК ВидЗапасовПродавца,
    ВозможныеВидыЗапасов.Предназначение КАК Предназначение,
    ВозможныеВидыЗапасов.Сделка КАК Сделка,
    ВозможныеВидыЗапасов.Менеджер КАК Менеджер,
    ВозможныеВидыЗапасов.Подразделение КАК Подразделение,
    ВозможныеВидыЗапасов.Назначение КАК Назначение
ПОМЕСТИТЬ ВидыЗапасов
ИЗ
    ВозможныеВидыЗапасов КАК ВозможныеВидыЗапасов
ГДЕ
    ВозможныеВидыЗапасов.ТипЗапасов = ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.ТипыЗапасов.Товар)
    И НЕ &ТолькоКомиссионныйТовар

ОБЪЕДИНИТЬ ВСЕ

ВЫБРАТЬ
    ВозможныеВидыЗапасов.ВидЗапасов,
    ВозможныеВидыЗапасов.ВидЗапасовПродавца,
    ВозможныеВидыЗапасов.Предназначение,
    ВозможныеВидыЗапасов.Сделка,
    ВозможныеВидыЗапасов.Менеджер,
    ВозможныеВидыЗапасов.Подразделение,
    ВозможныеВидыЗапасов.Назначение
ИЗ
    ВозможныеВидыЗапасов КАК ВозможныеВидыЗапасов
ГДЕ
    ВозможныеВидыЗапасов.ТипЗапасов = ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.ТипыЗапасов.КомиссионныйТовар)
    И (&НалогообложениеНДС = НЕОПРЕДЕЛЕНО
            ИЛИ ВозможныеВидыЗапасов.НалогообложениеНДС = &НалогообложениеНДС)
;

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
ВЫБРАТЬ
    ВидыЗапасов.ВидЗапасов КАК ВидЗапасов,
    ВидыЗапасов.ВидЗапасовПродавца КАК ВидЗапасовПродавца
ПОМЕСТИТЬ ДоступныеВидыЗапасов
ИЗ
    ВидыЗапасов КАК ВидыЗапасов
ГДЕ
    (ВидыЗапасов.Предназначение = ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.ТипыПредназначенияВидовЗапасов.ПредназначениеНеОграничено)
            ИЛИ ВидыЗапасов.Предназначение = ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.ТипыПредназначенияВидовЗапасов.ПустаяСсылка))

Выполни по частям и узнаешь где проблема

вот на этом, но где проблема не понял:

ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 1

    ВидыЗапасов.Ссылка,
    ЕСТЬNULL(ВидыЗапасовПродавца.Ссылка, НЕОПРЕДЕЛЕНО),
    ВидыЗапасов.Предназначение,
    ВидыЗапасов.Сделка,
    ВидыЗапасов.Менеджер,
    ВидыЗапасов.Подразделение,
    ВидыЗапасов.Назначение,
    ВЫБОР
        КОГДА Настройка.СпособПередачиТоваров = ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.СпособыПередачиТоваров.Продажа)
            ТОГДА ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.ТипыЗапасов.Товар)
        КОГДА Настройка.СпособПередачиТоваров = ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.СпособыПередачиТоваров.ПередачаНаКомиссию)
            ТОГДА ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.ТипыЗапасов.КомиссионныйТовар)
        ИНАЧЕ НЕОПРЕДЕЛЕНО
    КОНЕЦ,
    ВЫБОР
        КОГДА Настройка.СпособПередачиТоваров = ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.СпособыПередачиТоваров.ПередачаНаКомиссию)
            ТОГДА ВЫБОР
                    КОГДА ВидыЗапасов.ТипЗапасов = ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.ТипыЗапасов.КомиссионныйТовар)
                        ТОГДА ВидыЗапасов.НалогообложениеНДС
                    ИНАЧЕ ЕСТЬNULL(Налогообложение.НалогообложениеНДС, ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.ТипыНалогообложенияНДС.ПродажаОблагаетсяНДС))
                КОНЕЦ
        ИНАЧЕ НЕОПРЕДЕЛЕНО
    КОНЕЦ
ИЗ
    Справочник.ВидыЗапасов КАК ВидыЗапасов
        ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрСведений.НастройкаПередачиТоваровМеждуОрганизациями КАК Настройка
        ПО ВидыЗапасов.Организация = Настройка.ОрганизацияВладелец
            И ВидыЗапасов.ТипЗапасов = Настройка.ТипЗапасов
            И (Настройка.СпособПередачиТоваров <> ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.СпособыПередачиТоваров.НеПередается))
            И (Настройка.ОрганизацияПродавец = &Организация)
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Налогообложение КАК Налогообложение
        ПО (Настройка.ОрганизацияВладелец = Налогообложение.Организация)
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Справочник.ВидыЗапасов КАК ВидыЗапасовПродавца
        ПО ВидыЗапасов.Ссылка = ВидыЗапасовПродавца.ВидЗапасовВладельца
            И (Настройка.ОрганизацияПродавец = ВидыЗапасовПродавца.Организация)
            И (Настройка.СпособПередачиТоваров = ВидыЗапасовПродавца.СпособПередачиТоваров)
            И (Настройка.Валюта = ВидыЗапасовПродавца.Валюта)
            И (ВидыЗапасовПродавца.НалогообложениеНДС = &ПередачаПодДеятельность)
ГДЕ

    &ИспользоватьПередачиТоваровМеждуОрганизациями
    И НЕ ВидыЗапасов.РеализацияЗапасовДругойОрганизации
    И ВидыЗапасов.Организация <> &Организация
    И НЕ ВидыЗапасов.ПометкаУдаления

ИНДЕКСИРОВАТЬ ПО
    Предназначение

ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 1 -это же одна строчка. Зачем ты ее индексируешь

ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ поставил, чтобы не было сомнений, что это не из за количества элементов

поменяй внутреннее на левое

(5) не помогло