На форме есть реквизит "БанковскийСчет", тип - справочник "БанковскиеСчета", который подчинен двум справочникам "Контрагенты" и "Организации". При выборе значения сначала открывается окно с выбором вида владельца, затем - список элементов-владельцев выбранного вида. Как сделать так, что бы например, окно выбора вида владельца вообще не отображалось, а первым окном было выбор владельца из "Организации" ? те. перед выбором счета программно был установлен вид владельца - "Организации" ?

Там явно есть ещё и реквизит с организацией/контрагентом, кому  принадлежит этот счёт. И связь по владельцу. Присвой этому реквизиту пустую организацию.

http://bfy.tw/5Jzj