как правильно написать код запроса если есть кнопка выбора, от который запрос будет немного различаться?
Писать новый запрос указав на него или оставив старый снабдить его обильными...
| Подбор.КоличествоОстатокОрганизации,
//***********НАЧАЛО
|"+ ?(Использовать, "    Подбор.Ко "") + "    
//*************

Дописывать надо, но не такое вот уродство

|"+ ?(Использовать, "    Подбор.Ко "") + "  

а &МоеКлевоеДополнительноПоле

и стрЗаменить потом, чтобы запрос можно было конструктором открывать.

Схемы запросов и прочие ORM от лукавого.