Есть две части арендной платы (постоянная и переменная).
Постоянная часть оплачивается авансом, переменная - по факту за пред. месяц.
Оплата происходит в рамках одного договора с поставщиком (расчет по договору в целом).

Как сделать, чтобы платежка на аванс не зачитывала долг по переменной части?

Вести учет по документам расчетов.

(1) ... но с двумя договорами было бы проще...

(2) Ну тоже вариант, но не каждого бухгалтера такое устроит. Фактически договор один. Как потом акт сверки формировать тот же если с контрагентом есть еще 2 других договора?

по моему не даст 2 договора... договор в шапке документа, а объект в ТЧ... а второе заключение договора не проведется, т.к. объект уже используется