ЗУП 2.5.103.1, флаг принимать исчисленный налог как удержанный отключили с этого года.
По сотруднику были корректировки по НДФЛ в 2015 году за 2014г, сторнированием, в Начислении зарплаты ставили НДФЛ с минусом:
http://storage8.static.itmages.ru/i/16/0429/h_1461909882_1876806_b311e2941d.png
Но в итоге остатки по регистру НДФЛ Расчеты с бюджетом на конец 2015г. по сотруднику ноль.
Но в 2016 г. при первой же выплате зарплаты происходит удержание 361 рубль по этому сотруднику. Как будто при проведении программа не видит отрицательные суммы, т.е. работает не с остатками... В итоге получается излишне удержанный НДФЛ. Ума не приложу как исправить.

(0) С начала года налоговый период начинается заново с чистого листа.

(1) А откуда берется эта сумма?

361 руб, как раз как было сторно -359, -1, -1

в последних релизах стоит 01.01.2013.по хорошему нужны бы было до 2016 эту тему закрыть

(2) это для 6НДФЛ, с тех пор и появилось. Вы видимо при корректировке 2015 года с месяцами промахнулись. Посмотрите регистр НДФЛ расчеты с бюджетом и сравните даты. Если по датам ровно идет + и - то больше появляться не должно.
Проверьте и исправьте корректировку

(5) Перепроводить документы за 2015 год мне никто не разрешит... По датам что с чем сравнивать? Такое ощущение что минусы просто не учитываются