Есть один Игорь, ушедший в отпуск 9 февраля. Есть одна зарплата за январь выплаченная 17 февраля. зуп 2.5 кидает зарплату в отдельную строку и в 110 и 120 строках ставит 09.02 и 10.02 вместо 17.02, т.е. день выхода в отпуск. Вроде все документы смотрели и перепроводили и даже отдельно заводили - все без толку. Куда смотреть и сколько пачек люлей получать?

Куда смотреть? Смотреть даты фактического получения дохода в документах начисления. Смотреть в регистры накопления "НДФЛРасчетыСБюджетом" и "РасчетыНалоговыхАгентовСБюджетомПоНДФЛ".

(0) обновился на 103.2?

(1) Начисляет с зарплаты, а удерживает с отпускных, хотя в отпускных совсем другая сумма и зарплата туда не входит.
(2) Да.

Нарушен порядок проведения начислений и выплат.

+ Посмотри обработку "Изменение порядка учета документов"
(меню Расчет зарплаты по организациям - Налоги и взносы)

PS: тема "6-НДФЛ" на форуме уже рванный баян. В поиск.

(3) отменитье проведение начисления зп, проведите сначала отпуск, потом вернитесь к зп.

(7) Не очень помогло. Ндфл с зарплаты за январь выплаченной в феврале он ставит дату выплаты - 09.02 все равно и в регистре ссылается на отпускные.

(8) еу вы отменили начисление з/п? провели отпуск и выплату отпуска? и что дал 6-ндфл?

(9) Да, все разобрались, спасибо. Теперь осталось сверить первый раздел и найти где еще ошибки.