Процедура ПриОткрытии()
    ВыбФирма = глЗначениеПеременной("ОсновнаяОрганизация");
    ПапкаНовыхКонтрагентов = ВосстановитьЗначение("ПапкаНовыхКонтрагентов");
    ИмяФайла = ВосстановитьЗначение("ИмяФайлаВБР");
    ДатаДок = РабочаяДата;
    фЗапретДублейБВ = 1;
    ДатаФормированияБВ = 2;
    фСоздатьКонтрагента = 0;
    фСоздатьБанкРеквизиты = 1;
КонецПроцедуры

Процедура ПриЗакрытии()
    СохранитьЗначение("ИмяФайлаВБР",ИмяФайла);
    СохранитьЗначение("ПапкаНовыхКонтрагентов",ПапкаНовыхКонтрагентов);
КонецПроцедуры

При закрытии/открытии внешней обработки имя файла и папки не восстанавливается. Почему?

и где ты им значения присваиваешь ?
открыл/закрыл и все
это у тебя переменные ?

Блин, только отправил, как осенило - не назначил событию ПриЗакрытии процедуру ПриЗакрытии().
ПС: никак не привыкну к восьмерке.

(2) Не забудь про "ПриОткрытии".

(3) Уже не забуду ;)