Пользователь заходит в 1С под своей учётной записью через терминальный сервер А, и при попытке создать COM соединение получает сабжевую ошибку. В правах право на внешнее соединение установлено. Если тот же пользователь зайдет в ту же базу через другой терминальный сервер Б, то всё работает. Что можно сделать с сервером А чтобы всё работало? Заходил в %appdata% и чистил там всё - не помогает.

может порты закрыты или что то в этом роде

(1) Нет, у других пользователей на проблемном сервере всё работает.

(2) Смотри права доступа к базе которой конектится.

А вообще чудес не бывает