В одной самописной конфе автор в регистр Остатки, измерение Номенклатура, наряду с Товаром записывает и родителя товара. Все подобные излишества в процедуре ОбработкаПроведения() документов закомментировал. Теперь вроде нужно перепровести все документы, но их достаточно много накопилось за 10 лет, и перепроведение займет сутки-двое. Как удалить движение регистра Остатки, у которых Номенклатура - Группа?

прямым запросом.

Если файловая - можешь сделать копию, подцепиться из копии к файлу движений, ну и... а после - переиндексироваться и пересчитать итоги(можно выборочно, только по этому регистру .
(хотя через фоксовый провайдер можно и прямым  запросом)