Например, отобрав по подсистеме?

Никак.
Только создать чистую и сравнением

Сделай cf, создай пустую базу, сделай сравнить-объединить и выбери нужные подсистемы. В этой базе и

будет то что тебе нужно, из нее выгружай.

нафейхоа?

А еще можно сделать поставку конфигурации и выбрать там нужные объекты.

(0) Если от обратного, то легче :) Не "выгружать часть", а "загружать часть" от целого.

(5) +1