Как раньше выглядела схема заполнения документа по кнопке. Если количество строк больше 0, то вызывался Вопрос, и при положительном ответе табл. часть очищалась, с последующим заполнением.
С функцией ПоказатьВопрос в любом случае продолжается выполнение программы, до момента ответа.
На ум какие-то извращенные методы решения только приходят.
1) В описание оповещения пихать параметром массив ссылок на текущие строки, а после ответа их зачищать. При большом количестве строк - изврат.
2) Бесконечный цикл с опросом глобальной переменной, в которой будет храниться результат вопроса.

Может кто нормальный вариант посоветует ?

(0) Заполнение ТЧ делай после утвердительного ответа пользователя

&НаКлиенте
Процедура ЗаполнитьТЧ(Команда)
    Оповещение = Новый ОписаниеОповещения("ОтветНаВопросЗавершение", ЭтотОбъект);
    ТекстВопроса = "Очистить?";
    ПоказатьВопрос(Оповещение, ТекстВопроса, РежимДиалогаВопрос.ДаНет);
КонецПроцедуры


&НаКлиенте
Процедура ОтветНаВопросЗавершение(Результат, ДополнительныеПараметры) Экспорт
    Если Результат = КодВозвратаДиалога.Да Тогда
        ОчищениеИЗаполнение();
    КонецЕсли;
КонецПроцедуры

Спасибо, хорошая идея.