Добрый день, есть обмен по правилам конвертации данных, в плане обменов регистрируется документ по которому идет перекидка.
Есть ли возможность автоматической регистрации в плане обмена объектов которые входят в состав документа?

на сколько помню смотри настройки ПКО

(0) Зависит от конфигурации. В старых на обычных формах зависимые по ссылкам выгружаются. В новых (на БСП) при выгрузке игноируется эта настройка в правилах

Смотри правила регистрации объектов, в них есть обработчики событий, где и можешь зарегистрировать все что дополнительно нужно вместе с документом.

(2)планы обмена не выгружают зависимые ссылки.

(4) Только кодом добавлять ?