Синтаксический контроль (пункт меню Конфигурация - Проверка модулей), к сожалению, не проверяет тексты запросов (например, когда нет нужного реквизита) - но, может быть, есть способ их все протестировать?
(5) Но большинство запросов при этом открывается в Конструкторе.
Если что-то не так, то он ругается. А как бы по всем пройтись. Я вот думаю модули же можно выгружать, из них можно вычленить текст запроса, и в каждый параметр передать Неопределенно.