Как правильно разносить оплаты по счетам?
На каждый счет делать отдельный договор? А если и заказы под счет есть?

(0) Заказ все жизнь был счетом. За исключением счета как упрощенной "заглушки" в некоторых конфигурациях.

Как бы счет - это заказ, который принят поставщиком.
Собственно у него появляется номер и в платежке нужно указать этот номер счета