пытаюсь через

ТЗ_2.Колонки.СчетФактура.ТипЗначения = новый ОписаниеТипов(ТЗ_2.Колонки.СчетФактура.ТипЗначения, новый ОписаниеТипов("ДокументСсылка.СчетФактураВыданный"));

выдает ошибку несоответсвия типа параметра 2, хотя вроде по СП делаю

Новый ОписаниеТипов(<ИсходноеОписаниеТипов>, <ДобавляемыеТипы>, <ВычитаемыеТипы>, <КвалификаторыЧисла>, <КвалификаторыСтроки>, <КвалификаторыДаты>, <КвалификаторыДвоичныхДанных>)

У меня написано Таблица Значений - Колонка - ТипЗначения: использование: только для чтения. Не?

Нужно наверно так.
ТЗ_2.Колонки.СчетФактура.ТипЗначения = новый ОписаниеТипов(ТЗ_2.Колонки.СчетФактура.ТипЗначения, Тип("ДокументСсылка.СчетФактураВыданный"))

(2) тоже не работает

Согласен с (1). Нужно создать новую ТЗ и в ней нужные типы колонок и старую ТЗ перегрузить в новую.

можно орудовать с той же тз, только старую колонку удалить(), а с новым типом добавить(). изменять существующую никак.