Добрый времени суток, как говориться, и что б было пусто этому РАРу.

Перестал запускаться УТМ, служба транспорта гасится при старте системой.
Об устройстве утм по папкам имею смутное представление. Где можно глянуть логи УТМа?
В журналах системы и приложений ничего подозрительного не нашел.
Проверку на вирусы прогнал.
Что странное - службы мониторинга и обновлений работают.  

Еще вопрос как правильно переустановить утм, чтобы сохранилась база?

Позовите ИТ специалиста.

(1) Из РАРа?
Далековато ему ехать будет.

(2) Нет. Обычного ИТшника, который не боится пошарится по папкам УТМ-а.

файл
C:\UTM\transporter\l\transport_info.txt

мотаем в конец и смотрим.
если видим что-то подобное
CKR_FUNCTION_FAILED
CKR_PIN_LOCKED
CKR_SESSION_COUNT

то у меня для вас плохие новости

Обычно, если не запускается, то смотрят - а горит ли Ja-Carta, так как частенько она гаснет из-за засыпания USB-порта.
Также не стоит забывать, что ключ давался на год, и кто в сентябре начал тестирование сей "замечательной" системы - должен не забыть обновить ключ.

2016-09-03 05:28:51,168 ERROR es.programador.transport.Transport - Ошибка инициализации и запуска транспорта
java.lang.IllegalStateException: Ошибка обновления БД
    at es.programador.transport.h.a.a(Unknown Source)
    at es.programador.transport.Transport.main(Unknown Source)
Caused by: java.sql.SQLException: Ошибка при закрытии БД
    ... 2 more
Caused by: java.sql.SQLException: Database 'C:/TT/transporter/transportDB' not found.
    at org.apache.derby.impl.jdbc.SQLExceptionFactory.getSQLException(Unknown Source)
    at org.apache.derby.impl.jdbc.SQLExceptionFactory.getSQLException(Unknown Source)
    at org.apache.derby.impl.jdbc.Util.generateCsSQLException(Unknown Source)
    at org.apache.derby.impl.jdbc.Util.generateCsSQLException(Unknown Source)
    at org.apache.derby.impl.jdbc.EmbedConnection.newSQLException(Unknown Source)
    at org.apache.derby.impl.jdbc.EmbedConnection.handleDBNotFound(Unknown Source)
    at org.apache.derby.impl.jdbc.EmbedConnection.<init>(Unknown Source)
    at org.apache.derby.jdbc.InternalDriver.getNewEmbedConnection(Unknown Source)
    at org.apache.derby.jdbc.InternalDriver.connect(Unknown Source)
    at org.apache.derby.jdbc.BasicEmbeddedDataSource40.getConnection(Unknown Source)
    at org.apache.derby.jdbc.BasicEmbeddedDataSource40.getConnection(Unknown Source)
    ... 2 more
Caused by: ERROR XJ004: Database 'C:/TT/transporter/transportDB' not found.
    at org.apache.derby.iapi.error.StandardException.newException(Unknown Source)
    at org.apache.derby.impl.jdbc.SQLExceptionFactory.wrapArgsForTransportAcrossDRDA(Unknown Source)
    ... 13 more

в общем как-то так. Все папки на месте. Антивирусы выключены. Скорее всего кривое авто-обновление на 2.0.3

А УТМ в папке ТТ или в папке УТМ ?
И попробовать подложить прошлую TransportDB.