в модуле объекта внешней обработки открываю форму:
    ФормаВыбора.РежимВыбора = Истина;
    Заказ = ФормаВыбора.ОткрытьМодально();
ссылку на заказ могу использовать. А вот как с уже закрытой формы получить параметры двух булевских реквизитов которые на форме могли измениться?

А разве реквизиты формы после её закрытия разрушаются ?

(0) верни не заказ, а структуру с несколькими значениями

(2) а можно подробнее? пожалуйста

(0)С чего ты взял что это Ссылка на Заказ?

(4) это ссылка на документ который выбирается на форме

(5) Возвращаемый через "выполнить выбор" ?

Как вариант - в форме выбора ОповеститьОВыборе()
В форме-владельце - ОбработкаВыбора()

(7) Такой метод применяется, когда форма открывается немодально.

(8) Можно и модально)

Т.е. (для ТС):
//1) в исходной форме, в обработчике НачалоВыбора элемента:
СтандартнаяОбработка = Ложь;
Формавыбора = Справочники.Спр1.ПолучитьФормуВыбора(, Элемент);
Формавыбора.ОткрытьМодально();

//2) в форме выбора, в обработчике ТП Выбор:
СтандартнаяОбработка = Ложь;
ОповеститьОВыборе(Новый Структура("Элемент", ВыбраннаяСтрока)); // в структуру можно пихать что угодно

//3 в исходной форме, обработчик ОбработкаВыбора Поля ввода

"как с уже закрытой формы получить параметры"
//
УправляемаяФорма.Закрыть (ManagedForm.Close)
УправляемаяФорма (ManagedForm)
Закрыть (Close)
Синтаксис:

Закрыть(<ПараметрЗакрытия>)
Параметры:

<ПараметрЗакрытия> (необязательный)

Тип: Произвольный.
Параметр закрытия формы, открытой в модальном режиме. Это значение будет возвращено как результат метода, открывающего форму модально.
В режиме отказа от модальности параметр передается в процедуру, описанную параметром ОписаниеОповещенияОЗакрытии метода ОткрытьФорму или свойством формы ОписаниеОповещенияОЗакрытии.
Значение по умолчанию: Неопределено.
Описание:

Закрывает форму. Если закрываемая форма была открыта в модальном режиме, то метод может передать команду закрытия методу, открывшему форму.

Доступность:

Тонкий клиент, веб-клиент, толстый клиент, мобильное приложение(клиент).
Вызов метода выполняет обращение к серверу.

Примечание:

Использование метода не допускается в следующих случаях:
В интерфейсе Такси:
для форм, расположенных на начальной странице,
В интерфейсе Версия8_2:
В режиме открытия форм "В закладках":
для форм, расположенных на рабочем столе.
В режиме открытия форм "В отдельных окнах":
для форм, расположенных на рабочем столе и в рабочей области основного окна.

--------------------------------------------------------------------------------

     Методическая информация

(7) А смысл, когда есть (11), описанное еще в (2)?

(12) можно и так, мне лично Закрыть() - не нравится)

С оповещениями - более  универсальный способ, т.к. там нет ограничения "открытой в модальном режиме"