Документ Перемещение, два товара не списываются со склада-отправителя, выводится сообщение, "...не списано по партиям...". Но на склад-получатель товар поступает. В движениях по регистрам видно, что по регистру "Партии товаров..." движений этих двух товаров нет, но они есть в регистре "Товары на складах". Почему?
Из-за этого путаница: товар вроде есть на складе, но расходные накладные выдают "...не списано по партиям...".

Это штатная ситуация при перекосе партионного учета: в "ТоварыНаСкладах" есть, а в партиях нет. Нужно смотреть, почему образовалась разница между "ТоварыНаСкладах" и партиями на момент проведения перемещения.

Организаций, наверное, несколько ?

(2) Если это УТ 10.3, то в партиях (если не ошибаюсь) измерения "Организация" не должно быть.

(2) Организация одна
(3) УТ для Украины 2.3

(1) Как найти, откуда этот перекос пошел?

(2) Регистр накопления "Партии товаров на складах (управленческий учет)" - организации нет.

(5) Формируй отчет по регистраторам и сравнивай списки.

Если нет перемещений по ордерной схеме, то можно сравнить остатки на каждый день по товарам и партиям.

(8) Вроде нашел начало, откуда пошел перекос: с документа Реализация товаров:
Управленческий учет. Документ Реализация товаров и услуг 00000002367 от 08.03.2016 0:00:03, табличная часть "Товары"
Не списано по партиям 1 шт товара Вино столовое полусладкое красное"Эспаниола" 10-12%,0,75л,
В Ведомости по товарам на складах конечный остаток ушел в минус.
В регистре накопления "Партии товаров на складах" этого товара нет, а в регистрах Продажи и Товары на складах - есть.
Почему перекос возник? Как его убрать?

Переместить (если есть откуда) на нужный склад необходимое количество. Возможно, задним числом увеличили (или добавили) в РТиУ. Посмотреть в журнале регистрации, кто правил РТиУ в это время.

(10) Да тут постоянно что-то меняют задним числом - специфика товара однако. Вопрос в другом - товара явно не хватает, по партиям движения нет, а по регистрам Товары и Продажи - есть. Это можно запретить?

(11) При неоперативном проведении контроль остатков не делается.
Можно попробовать изменить процедуру контроля (в инете встречалось много раз), но "правильный" контроль может тормозить ("правильный" - чтобы не было отр. остатков никогда в будущем).
Обычно ограничиваются либо контролем остатков на момент проведения, либо на момент проведения + актуальные остатки.
Часто контроля на момент проведения достаточно.
Причиной также может быть изменение задним числом прихода (ПТиУ или перемещение).

(11) Да изменения задним числом прихода и перемещения - сплошь и рядом.
PS: в свое время для ТиС семерочной делал, что если приход изменен задним числом, то все зависимые от него документы принудительно перепроводились. Может и здесь такое сделать? Или уже кто делал?