Сабж.
Нужно что бы открылось окно сравнения. Пользователь сам должен выбирать что объединять и как.

Средствами командной строки такое вообще возможно?

вряд ли

почитай http://1s-portal.ru/index.php/stati/administrirovanie/9-rabota-s-bazami/56-zapusk-1s-iz-komandnoj-stroki.html

(0) Так нельзя. Можно сначала подготовить специальный файл с настройками объединения, потом автоматно объединить.

+ https://wonderland.v8.1c.ru/blog/uluchshenie-sravneniya-i-obedineniya-konfiguratsiy/

(0) открой конфигуратор и нажми shift+f1

(5) Спасибо, не знал, а штука полезная.