Бьюсь надо настройкой выгрузки на сайт.
Узел настроил. Подключение проверил. В зарегистрированных товар есть и после выгрузки пропадает, но на сайте не появляется.

Где еще ковырнуть?

(0) Посмотри в файле выгрузки, сравни его с остальными товарами. Дальше кури  настройки на стороне сайта. Может он там неактивный или еще что..

"В зарегистрированных товар есть и после выгрузки пропадает" // А вот это беда, подтверждение какое-нибудь нужно получать от сайта

(1)а файл выгрузки какой если я соединяюсь с сайтом?

(3) Обычно 1С формирует файл во временном каталоге, а затем уже пуляет его на сайт или ФТП