Помечаю сверку взаиморасчетов на удаление, удаляю помеченный объект, пишет "Удаление помеченных объектов успешно завершено", а он на месте
Ссылок на документ нет

Типовая, Управление торговлей, редакция 11.2 (11.2.3.129)
1С:Предприятие 8.3 (8.3.8.1652)

F5 нажимал?

(1) да

попробуй сделать тестирование и исправление базы

(0)Если так уж уверен, что ссылок нет, то удали его физически сам

(4) Удалить() не удаляет,
Ошибка при вызове метода контекста (Удалить)
    док.Удалить();
по причине:
Не удалось удалить "Сверка взаиморасчетов

(3) делал тестирование и исправление, он мне регистры почистил, типа ссылается на не существующий, а бухи говорят что лучше не менять, хоть и неправильно, но уже думают об этом

truncate table

Пробуй через "Удаление объектов с контролем ссылок (ИР)" http://devtool1c.ucoz.ru/index/udalenie_obektov_s_kontrolem_ssylok/0-41