Подскажите пожалуйста можно ли создать Подписку на ПередНачаломРаботыСистемы

Нет

А есть ли какой то способ создать подписку, которая будет срабатывать при запуске 1С?

в типовых есть переопределяемый модуль, куда можно вклиниться.
ну, или расширением можно еще

Глобальный контекст.ПередНачаломРаботыСистемы (Global context.BeforeStart)
Глобальный контекст (Global context)
ПередНачаломРаботыСистемы (BeforeStart)
Синтаксис:

ПередНачаломРаботыСистемы(<Отказ>)
Параметры:

<Отказ>

Тип: Булево.
Признак отказа от запуска программы. Если в теле процедуры-обработчика установить данному параметру значение Истина, то программа не будет запущена.
Значение по умолчанию: Ложь
Описание:

Возникает при запуске в режиме 1С:Предприятие до открытия главного окна. В процедуре-обработчике данного события могут быть выполнены необходимые проверки и, при необходимости, установлен параметр отказа от запуска программы.
Примечание:

В данной процедуре не допускаются открытие форм и других окон, не поддерживаются выдача сообщений, установка текста в панели состояния, а также другие действия, требующие наличия главного окна.

Сдается мне, что автор не хочет менять конфу :)

+ если быть корректным, то ТС хочет сохранить возможность обновления ЦФ файла в автоматическом режиме.
И написать свои доработки ;)

...
(0) Как вариант предложи конторке 1С дописать сеи события :)

Ну да, хотелось бы вносить минимум изменений в конфигурацию, А так я бы просто прямо в ПередНачаломРаботыСистемы все написал.

запускай 1С с ключем /ЕХЕКЮТЕ, давай на вход обработку в которой будет нужный тебе код...