Искал в инете Инструмент переноса начальных остатков из Бухгалтерии 2 в Бухгалтерию 3 и ничего не находится. Стандартных от 1с тоже вроде нету. Может я что упустил?

(например по зарплате же есть такой инструмент. Запускаешь стандартную обработочку конфигурации Зарплата 3, подключаешься к старой программе Зарплата, хоть файловой хоть серверной, и эта обработочка дергает из старой что нужно сама. Ну не ужели в конфы Бухгалтерия такого нет)

У меня остался только один способ, сформировать остатки в старой бухгалтерии на 31.12.2016, из этих остатков получить документы ВводОстатков на эту же дату, и затем дернуть обменом эти доки в новую базу.

Для бухи есть штатный способ - обновление с 2 до 3.

сверни базу да и обьнови ее до 3.0, в чем проблема то?

Бухши хотят работать в чистой базе, "с нуля".

Обновление кстати делал с 2 на 3. База большая не обновлялась, типа не достаточно памяти для выполнения запроса. Победил установкой релиза платформы x64, но там дальше запускается автоматическая обработка и в ней ошибка.

(3) Сделай через файл