УПП 1.3. Созданный в ручную документ перемещение товаров
формирует движения по регистрам:

Регистр накопления "Товары организаций"            
Регистр бухгалтерии "Журнал проводок (бухгалтерский учет)"
Регистр накопления "НДС по партиям запасов"
Регистр накопления "Партии товаров на складах (бухгалтерский учет)"

что можно увидеть по меню перейти.
Созданный программно же документ, формирует движения только по регистру ТоварыОрганизаций, и все.
Почему это может быть? Делал все по подобию существующего документа программно.

Галки "Отражать в УУ", "Отражать в БУ", "Отражать в НУ".

(0+) Документу ставится пометка проведения, и выходит сообщение

Бухгалтерский учет. Документ Перемещение товаров ИДС00000001 от 07.12.2016 19:36:19, табличная часть "Товары"
Не списано по партиям 1 шт товара Адаптер HPE KVM USB replace 336047-B21 (AF628A), серия: , счета учета 41.01, 003.01

(1) В задаче есть условие, проводить только по БУ и НУ. Галку УУ не ставить.

(1) У документа созданного в ручную и программно одинаковые настройки.

(2) Вам же по-русски сказали, что товара нет на складе.

(0) "Созданный программно же документ, формирует движения только по регистру ТоварыОрганизаций, и все" - вероятно в реквизите документа "РаспределениеОстатковТоваровОрганизацийПоСкладам" ошибочно указано значение "Истина".

(2) "Документу ставится пометка проведения..." - в типовой конфигурации документ не может быть проведён с такой ошибкой. Где-то, что-то не айс в Вашей конфигурации :(

+(6) код из типовой:

Процедура ДвиженияПоРегистрам(РежимПроведения, СтруктураШапкиДокумента, ТаблицаПоТоварам, ТаблицаПоТаре,Отказ, Заголовок);

    Если СтруктураШапкиДокумента.РаспределениеОстатковТоваровОрганизацийПоСкладам Тогда
        ДвиженияПоРегиструТоварыОрганизаций(РежимПроведения, СтруктураШапкиДокумента, ТаблицаПоТоварам, ТаблицаПоТаре,Отказ, Заголовок);
    Иначе
        ДвиженияПоРегистрамУпр(РежимПроведения, СтруктураШапкиДокумента, ТаблицаПоТоварам, ТаблицаПоТаре,Отказ, Заголовок);
        ДвиженияПоРегиструТоварыОрганизаций(РежимПроведения, СтруктураШапкиДокумента, ТаблицаПоТоварам, ТаблицаПоТаре,Отказ, Заголовок);
        ДвиженияПоРегиструСписанныеТовары(РежимПроведения, СтруктураШапкиДокумента, ТаблицаПоТоварам, ТаблицаПоТаре,Отказ, Заголовок);
    КонецЕсли;
...

(7) Нормально все. Контроль остатков по организации не стоит. Либо права полные у автора. УПП такие финты позволяет.

(6) По умолчанию там ЛОЖЬ. Если автор принудительно не зафигачил, то должно быть нормально.

(7) "в типовой конфигурации документ не может быть проведён с такой ошибкой." - неоперативное проведение.

Уже вчера все обсудили - Не проводится документ перемещение товаров

(11) У Вас машина времени есть?

(12) Пардон. Как выявлять номенклатуру по которой есть минусовое количество и её склад?

(10) Имхо, не в тему. После формирования и вывода текста ошибки, в структуру параметров вставляется Отказ = Истина. т.е. если попал в эту процедуру, то ты... попал :)

(14) Совершенно в тему.