Есть динамический список запрос:
ВЫБРАТЬ
    ДокументПеремещениеЗапасов.Ссылка КАК Ссылка,
    ДокументПеремещениеЗапасов.ПометкаУдаления КАК ПометкаУдаления,
    ДокументПеремещениеЗапасов.Номер КАК Номер,
    ДокументПеремещениеЗапасов.Дата КАК Дата,
    ДокументПеремещениеЗапасов.Проведен КАК Проведен,
    ДокументПеремещениеЗапасов.Организация КАК Организация,
    ДокументПеремещениеЗапасов.ВидОперации КАК ВидОперации,
    ДокументПеремещениеЗапасов.СтруктурнаяЕдиница КАК СтруктурнаяЕдиница,
    ДокументПеремещениеЗапасов.Ячейка КАК Ячейка,
    ДокументПеремещениеЗапасов.СтруктурнаяЕдиницаПолучатель КАК СтруктурнаяЕдиницаПолучатель,
    ДокументПеремещениеЗапасов.ЯчейкаПолучатель КАК ЯчейкаПолучатель,
    ДокументПеремещениеЗапасов.ЗаказПокупателя КАК ЗаказПокупателя,
    ДокументПеремещениеЗапасов.СчетЗатрат КАК СчетЗатрат,
    ДокументПеремещениеЗапасов.НаправлениеДеятельности КАК НаправлениеДеятельности,
    ДокументПеремещениеЗапасов.Комментарий КАК Комментарий,
    ДокументПеремещениеЗапасов.МоментВремени КАК МоментВремени,
    ЕСТЬNULL(ВложенныйЗапрос.СуммаПриход, 0) КАК Себестоимость,
    ДокументПеремещениеЗапасов.СуммаДокумента КАК СуммаДокумента
ИЗ
    Документ.ПеремещениеЗапасов КАК ДокументПеремещениеЗапасов
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ (ВЫБРАТЬ
            ЗапасыОбороты.Регистратор КАК Регистратор,
            СУММА(ЗапасыОбороты.СуммаПриход) КАК СуммаПриход
        ИЗ
            РегистрНакопления.Запасы.Обороты(, , Регистратор, ) КАК ЗапасыОбороты
        ГДЕ
            ЗапасыОбороты.Регистратор ССЫЛКА Документ.ПеремещениеЗапасов
        
        СГРУППИРОВАТЬ ПО
            ЗапасыОбороты.Регистратор) КАК ВложенныйЗапрос
        ПО ДокументПеремещениеЗапасов.Ссылка = ВложенныйЗапрос.Регистратор

Выводится все нормально, но как только в форме списка устанавливается отбор по складу или любому другому полю через Найти либо через Настроить список, то Себестоимость перестает отображаться - почему?

Я так думаю, что из множества типов, которые разрешены в поле Регистратор.

А вообще, на такие грабли тоже наступал, что установка некоторых отборов на динамическом списке "ломает" произвольный запрос из его настроек. Там примерно тот же механизм "оптимизации" текстов запросов срабатывает, как и при использовании привычных уже СКД запросов

можно попробовать заменить обращение к таблице Обороты на обращение к самим записям регистра... Но я думаю, что нужного эффекта это не даст из-за множества указанных в Регистратор типов документов