В справке по функции КомандаСистемы написано: "После загрузки Windows-приложения управление возвращается в 1С:Предприятие и исполнение модуля продолжается."
Когда я записываю файл на диск и открываю его с помощью КомандаСистемы, то после открытия программы (например Блокнот) черное окошко командной строки не закрывается и управление не возвращается 1С до тех пор, пока программа не будет закрыта.
Пробовал на двух платформах: 8.2.19.130 и 8.3.8.1964 и двух ОС: Windows 10 и Windows Server 2008 R2.