Вношу изменения во внешнюю обработку(доп. внешние обработки) и открываю ее программно.
Открывается то, что было до изменений.
Из-за чего это может быть?

Кэш. Или другая обработка. Выйди из базы и зайди заново

(1)Пробовал, не помогает

(0) Если повторяется из раза в раз, то проверь нет ли в обработке зацикленных ссылок. Реквизит формы (переменная) со ссылкой на эту же форму или что-то подобное.

Значит редактировал другую обработку. Внеси в заголовок формы дополнительные слова или знаки. Сохрани. А потом открой заново.

Отладчик еще никто не отменял.

а обормотка не на СКД ?
если на ней, то сбрось в настройках.

(0) Может обработку надо сохранять в базе? Если это не настоящие "Внешние обработка", а из справочника "Внешние обработки"?...

(4)Типичная ситуация. Я бы в бешенстве, когда не мог понять почему не работает исправленный код. Даже сисадмину показывал этот фокус, когда понял, что не видит новый код. Он был в недоумении.

(1)Когда пишешь код, не очень весело постоянно выходить-заходить. Хотя, это 100% решает эту проблему.

Знакомая ситуация, была мною написанная внешняя обработка, вела себя нормально - вносишь в нее изменения, пере запускаешь ее, работает как надо. Понадобилось подцепить к ней сканер, и начались такие же "чудеса". Стал в форме номер версии писать для контроля. Только перезапуск 1С спасал - так и не понял почему эти чудеса происходят!?

Кто-нибудь об этой проблеме 1С сообщал?

(11) Наверняка. Всё зависит от релиза платформы и локальных настроек у пользователя.