Здравствуйте!
У одного клиента много баз (БП 2.0.66.3), нетиповые. Они странно себя ведут при обновлении: В конфигураторе появляется окно сравнения, применяю фильтр "показывать только дважды измененные свойства", прохожусь по всем модулям, отобранным данным фильтром, переношу доработки. Когда все перенесено, нажимаю "выполнить", объединение завершено. Смотрю- модули, в которых были доработки- под замком, дописок нет. Ошибся, подумал я, откатываюсь назад, провожу заново обновление- тот же эффект. С другими базами ничего подобного не видел. В чем может быть проблема?

Проблема, может быть, в том, что между "нажимаю Выполнить" и "объединение завершено" есть ещё одно окно, про которое ты почему-то ничего не сказал:
http://programmist1s.ru/wp-content/uploads/2016/08/nastroyka-podderzhki.png
В этом окне, расстановкой "галочек", выставляются "замки".

Поставь везде объект редактируется с сохранением поддержки. Ибо модули часто взаимосвязаны.