Например, для ссылок/объектов, можем сделать:
ВЫБРАТЬ
МояТаблица.Реквизит,
ЗНАЧЕНИЕ(Справочники.КакойтоСправочник.ПустаяССылка) Как ПустаяСсылкаНужногоМнеТипа
ИЗ РегистрСведений.КурсВалют КАК МояТаблица

А как сделать, чтобы поле было заполнено пустым значением ХранилищеЗначений?

(0) соеденить со справочником где есть реквизит типа ХЗ и этот реквизит точно пустой. например спр. сохраненные настройки и том подобные, в разных конфах по разному такие есть