Доброе утро!
При проведении конкретного документа Начисления по больничному листу не записываются строки в  ОсновныеНачисленияРаботниковОрганизаций.ФактическийПериодДействия. При этом строки в сам регистр ОсновныеНачисления записываются и они по структуре идентичны строкам, формирующим правильный ФактическийПериодДействия. Экспериментально вывел зависимость от Месяца начисления. Сейчас проблемные начисления выглядят так: Месяц начисления Январь, в ТЧ Оплата 15.12.2016-17.12.2016. Если заменить Месяц начисления на Декабрь 2016, то строки в факт периоде действия появляются. В другом проблемном документе есть переходящий больничный 30.12.2016-09.01.2017, с месяцем начисления Январь - в фактическом периоде оказываются только январские дни.

При этом в другой базе с идентичным кодом и начислением все работает как надо. Не сталкивались с таким?

Кадровичка не переформировала табель, там у человека стояло НН 11 везде вместо Б 11. Переделал, затем перезаполнил начисление, все заработало.

Выяснилось, что она нашлепала Начисления больничного до создания табеля. При перепроведении табеля он затирал фактическое время начислений. Сугубо пользовательские заморочки в итоге.