В обработке ОбменСсайтом есть такая проверка на принадлежность свойства к типу ЗначениеСвойствОбъекта (т.е. значение этого свойства будет выбираться из справочника):
<sxh 1c>
            Если ТипЗначенияСправочник(ТипЗнч(Выборка.Значение)) Тогда
                ИдЗначения = Строка(Выборка.Значение.УникальныйИдентификатор());
                ДобавитьУзелCML(СписокЗначенийCML, "Значение", ИдЗначения);
            Иначе
                ДобавитьУзелCML(СписокЗначенийCML, "Значение", Выборка.Значение);
            КонецЕсли;</sxh>

Проблема следующая - свойство имеет тип "Строка", при этом у некоторых условие ТипЗначенияСправочник(ТипЗнч(Выборка.Значение)) становится истиной, как будто это вовсе не "Строка", а элемент справочника.

В чем может быть причина? На что обратить внимание?

Проблему решил, может кому пригодится.
Для проблемных свойств было заполнено значение не только в Регистре, но и в справочнике (для примитивных типов должно был значение только в регистре).
Поэтому при программном заполнении необходимо было делать проверку
Если Свойство.ТипЗначения = Новый ОписаниеТипов("СправочникСсылка.ЗначенияСвойствОбъектов") Тогда
чтобы определить нужно ли создавать элемент в справочнике "ЗначенияСвойствОбъектов"