1. Переприсоединил базу (типа сменил кэш).
2. Потестировал с помощью chdbfl.
3. Потестировал в режиме конфигуратора со всеми галочками:
http://joxi.ru/a2XYVRkUvEPLAg
4. Перепровёл все документы за исследуемый месяц.
5. Тем не менее бухитоги кривые:
http://joxi.ru/LmGpV1zHEQWX2l

Какой ещё клизмочки не хватает больному?

ну сделай запросом посмотри что покажет. от того что покажет и иди дальше

Вариант, что не работает отчёт, откинул - "Универсальная ОСВ" показывает те же данные:
http://joxi.ru/ZrJjVl5Hdq48rj

автор, то что показываешь оно расчетное как бы...(итоги оборота за период), если расчетное сделай запросом с группировкой для проверки, или рег бух проверяй по субконто(тип значения) ну регистратор битый как вариант.

(3) На случай что оно расчётное, посмотрел ОСВ без группировки по субконто - итог тот же:
http://joxi.ru/GrqBM4wc7oL3mz

(4) постепенно уменьшай период, найди день, в котором ошибка. Затем внутри дня найди конкретный документ. Когда у тебя будет конкретный документ, приходи сюда.

(0) "Уплыли бухитоги". Им у вас никогда не нравилось,видимо. Рыба ищет где глубже...

Разобрался. Это проводки-зомби.
Документ помечен на удаление, а проводки остались.
Таких документов много.