Правила так сделаны, что всегда подставляется счет 004.01, независимо от того, собственный ли товар или комиссионный. Саппорт их молчит много дней.

Что еще можно сделать? Настучать на них в 1С может?

понять и простить

от мисты ты чего ждешь? Может у тебя договора криво настроены, может счета учета так настроил, может инструкцию не прочитал

Вопрос то в чем? Ты спрашиваешь разрешения сообщества настучать на них в 1С? А в ответ ты что ждешь, что сообщество будет тебе отговаривать и давить на совесть?

Не знаю как в правилах для Хеликс, но для УТ счет берется из счетов учета.

(0) А почему они должны правила тебе писать вообще?
Они сказали что можно обмениваться с БП, обормотки обмена дали, они приложили пример правил, а дальше пили как тебе нравится.

(4) В условия моего договора сопровождения не входит эта конфа. Заказчик доплачивать не хочет, т.к. и так "на поддержки у разработчиков". Но бухша постоянно жалуется мне, что счета учета нужно исправлять после выгрузки.

(5) Ну вот пусть заказчик и выясняет за что платит. Правда может оказаться что "на поддержки у разработчиков" это громко сказано. На практике возможно заплатили за конфу, а за внедрения деньги зажали, типа у нас есть умный мальчик он разберется. Или решели не платить, типа мы все равно к ним не обращаемся, зачем им платить

(5) Ну а тогда к Хеликсу какие претензии???
Что бы тебе понятнее было, договор на сопровождение с Хеликсом тоже вообще то заключать надо.
У меня есть клиент у которого Хеликс-Фитнес и я знаю про договор, я клиенту сказал что или с Хеликсом подпишите или со мной, но у моего клиента нет надобности в БП грузить по этому я не сталкивался.

(7) Там несколько строк в правилах исправить и все заработает. Не нравится такое отношение, когда молчат.

(8) >>Не нравится такое отношение, когда молчат.
Кому не нравится??? Пусть твои клиенты не врут и лапшу не вешают ))
лично я не сталкивался с таким у Хеликса ни разу, они первым делом когда туда звонишь спрашивают про договор, отвечают всегда,
первый месяц когда клиент купил они бесплатно по тим вьюверу помогали,  если договора нет, то в лучшем случае (не всегда) могут подсказать в какую сторону смотреть.