ВЫБРАТЬ * ИЗ РегистрНакопления..Обороты(&Д1,&Д2)
возвращает 2 строки со значениями поля Сумма 16 и 4.
ВЫБРАТЬ МАКСИМУМ(Сумма) ИЗ РегистрНакопления..Обороты(&Д1,&Д2)
возвращает 20.
и СРЕДНЕЕ тоже возвращает 20
В чем может быть проблема?

В твоем незнании того, как работают виртуальные таблицы регистров накопления.

Посмотри, что возвращает запрос:
ВЫБРАТЬ Сумма ИЗ РегистрНакопления.Обороты(&Д1,&Д2)
и все поймешь