Сотрудник взял отпуск в декабре 2016 года. Потом принес больничный в январе 2017, который отсторнировал часть декабрьского начисления по коду доходу 2012(П). При заполнении 6-НДФЛ в отчет по данному сотруднику и коду доходу 2012(П) попадает правильная сумма, то есть доход по первоначальному отпуску минус сторно, который внёс больничный лист. А  2-НДФЛ в доходах показывает только доход, который зарегистрировал начисление отпуска, а сторно не учитывает. Почему так происходит?

Потому что сторно было в январе, и больничный относится к периоду - январь 2017 года.

(1) Вы не правы. Отсторнирован доход ДЕКАБРЯ 2016 года. И в регистре накопления "Сведения о доходах" месяц налогового периода - декабрь 2016 года. И 6-НДФЛ, кстати, складывает + c -, а 2-НДФЛ минус не видит.

2+ Уточнение. Месяц налогового периода - декабрь 2016 года именно у записи - сторно.

(3) месяц налогового периода теперь не катит. Важна дата выплаты этого больничного.

(4) +1
Отпускные (код дохода 2012) учитываются именно по дате выплаты.
Была хорошая публикация на ИТС (от 15.11.2016, "Сроки исчисления, удержания и уплаты НДФЛ по видам выплат")
Также можно почитать письмо Федеральной налоговой службы от 1 августа 2016 г. N БС-4-11/13984@
"О направлении разъяснений по вопросам представления и заполнения расчета сумм налога на доходы физических лиц, исчисленных и удержанных налоговым агентом (форма 6-НДФЛ)"

(5) Спасибо, почитаю

Больничный, который отсторнировал отпускные, с датой выплаты  12 января 2017 года, попал в 6-НДФЛ за 2016 год, но не попал в 2-НДФЛ за 2016 год. Как это понимать?

7+  Если построить 6-НДФЛ за 2017 год, за 1 квартал, то этот больничный тоже туда попадает. Но с этим я согласна, это доход января 17 года. А почему эта же сумма попадает в 6-НДФЛ за 2016 год?

(7) раздел 1 или раздел 2?

раздел 1, строка 020

да, раздел 1 это то, что начислено. Раздел 2 - это удержано. В целом раздел 2 должен совпадать с 2-ндфл.

(11) но начислено в январе 17 года, выплачено в январе 17 года, правда болел сотрудник в декабре. Почему же эта сумма попадает в отчетность 16 года? И в отчетность 17 года попадает второй раз.

(11) ? Контрольные соотношения сверяют как раз таки 1 раздел с 2-НДФЛ

(12) прям сумма по бл попала в 2016 год? Покажите

(14) код дохода 2300, в расшифровке раздела 1 строка 020 за 4 квартал 16 года и эта же сумма с кодом дохода 2300 в расшифровке за 1 квартал 17 года. Больничный один, никаких дублей физлиц.