Подскажите, необходимы папки(группы) в которых нет ни одной номенклатуры с опред. признаком(реквизит номенклатуры) , не пойму как обойти правильно и еще учитывать иерархию, если можно примером

Иерархию не учтёшь. Только ближайшего родителя.

Выбрать
Ссылка
Из Номенклатура КАК Номенклатура
ГДЕ Номенклатура.ЭтоГруппа = Истина
И Ссылка НЕ В (Выбрать
ССылка.Родитель
ИЗ
Номенклатура КАК Номенклатура
ГДЕ Номенклатура.ССылка.ОпределённыйРеквизит = Ложь)

(0) нет элементов где ? На последнем уровне ?

Можно тупо влоб, получить список всех папок и проверять В ИЕРАРХИИ запросом в цикле.

Можно сходить статьи ildarovich почитать (http://catalog.mista.ru/) - получится одним запросом.

Вот про "учитывать иерархию" непонятно.

(3) вот пример: Родитель1
                       Родитель2
                            Родитель3
                              Нет удовлет. ссылок
соответственно нужны и верхние папки тоже

(0)

ВЫБРАТЬ РАЗЛИЧНЫЕ
    Номенклатура.Родитель КАК Родитель
ИЗ
    Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура
ГДЕ
    (НЕ Номенклатура.ЭтоГруппа)

СГРУППИРОВАТЬ ПО
    Номенклатура.Родитель

ИМЕЮЩИЕ
    КОЛИЧЕСТВО(ВЫБОР
            КОГДА Номенклатура.Услуга
                ТОГДА Номенклатура.Ссылка
        КОНЕЦ) = 0
ИТОГИ ПО
    Родитель ИЕРАРХИЯ

(4) а если в Родитель2 есть, а в Родитель3 нет?