"ВЫБРАТЬ
        |    Кос_ТипыПоступления.Ссылка
        |ПОМЕСТИТЬ СписокТипов
        |ИЗ
        |    Справочник.Кос_ТипыПоступления КАК Кос_ТипыПоступления
        |ГДЕ
        |    НЕ Кос_ТипыПоступления.ПометкаУдаления
        |;
        |
        |////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
        |ВЫБРАТЬ
        |    ПоступлениеТоваровУслуг.Кос_ТипПоступления,
        |    ПоступлениеТоваровУслуг.Ссылка
        |ИЗ
        |    Документ.ПоступлениеТоваровУслуг КАК ПоступлениеТоваровУслуг
        |ГДЕ
        |    ПоступлениеТоваровУслуг.Дата МЕЖДУ &ДатаНач И &ДатаКон
        |    И ПоступлениеТоваровУслуг.Кос_ТипПоступления В(&СписокТипов)"

Не умею я пользоваться результатом одного запроса в условии другого.
Суть простая - надо выбрать поступления, где Кос_ТипПоступления в списке непомеченых на удаление элементов справочника. Раньше всегда писала 2 разными запросами, а ведь надо одним?

Либо соединение двух таблиц либо условие вхождения во вложенный запрос.

(0)
|ГДЕ
|    ПоступлениеТоваровУслуг.Дата МЕЖДУ &ДатаНач И &ДатаКон
|    И НЕ ПоступлениеТоваровУслуг.Кос_ТипПоступления.ПометкаУдаления

Внутреннее соединение 2 таблиц по Кос_ТипПоступления и НЕ Кос_ТипыПоступления.ПометкаУдаления
Сделать для начала в конструкторе запросов.

(2) В простом случае преобразует в левое соединение. Но в сложном план запроса может быть непредсказуем, поэтому не советую обращаться через двойную точку в запросе - плохая привычка.
Имхо

(4) В левое? Не во внутреннее? Откуда инфа?

И ПоступлениеТоваровУслуг.Кос_ТипПоступления
В (ВЫБРАТЬ СписокТипов.Ссылка ИЗ СписокТипов КАК СписокТипов)

mkalimulin - хорошая идея, а если реквизит этот вовсе не выбран - сработает?

А у меня внутреннее соединение не находится!
Или нужно и вторую таблицу во временную таб. положить?
(6) Попробую!

"ВЫБРАТЬ
        |    Кос_ТипыПоступления.Ссылка
        |ПОМЕСТИТЬ СписокТипов
        |ИЗ
        |    Справочник.Кос_ТипыПоступления КАК Кос_ТипыПоступления
        |ГДЕ
        |    НЕ Кос_ТипыПоступления.ПометкаУдаления
        |;
        |
        |////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
        |ВЫБРАТЬ
        |    ПоступлениеТоваровУслуг.Кос_ТипПоступления,
        |    ПоступлениеТоваровУслуг.Ссылка,
        |    ПоступлениеТоваровУслуг.Дата КАК Дата
        |ИЗ
        |    Документ.ПоступлениеТоваровУслуг КАК ПоступлениеТоваровУслуг
        |ГДЕ
        |    ПоступлениеТоваровУслуг.Дата МЕЖДУ &ДатаНач И &ДатаКон
        |    И ПоступлениеТоваровУслуг.Кос_ТипПоступления В
        |            (ВЫБРАТЬ
        |                СписокТипов.Ссылка
        |            ИЗ
        |                СписокТипов КАК СписокТипов)

Такой фокус сработал.
А как соединением написать? Там потом будет посложнее отбор в 1 запросе.

может поможет в примерах
http://helpme1c.ru/soedineniya-v-zaprosax-v-1s-8-v-primerax

А как в запросе сделать условие по заполненности реквизита?
ЗаказПокупателяТовары.Номенклатура.Кос_ТипПоступления = &ВыбПустой - это я понимаю. А без параметра можно?
(9) Спасибо!

Смотрел планы запросов. Правда на 8.1 и 8.2. Но думаю, что и для 8.3 не изменилось
Еще узкий момент, что для составного типа join-ятся таблицы со всеми типами. Это одна из причин, почеиу не рекомендуют использовать типы ДокументСсылка и СправочникСсылка в типах реквизитов

(10)
ЗаказПокупателяТовары.Номенклатура.Кос_ТипПоступления =  Значение(Справочник.Кос_ТипПоступления.ПустаяСсылка)

(12) Спасибо! Забыла про это волшебное слово "значение"

"ВЫБРАТЬ РАЗЛИЧНЫЕ
        |    ПоступлениеТоваровУслуг.Кос_ТипПоступления,
        |    ПоступлениеТоваровУслуг.Ссылка,
        |    ПоступлениеТоваровУслуг.Дата КАК Дата
        |ИЗ
        |    Документ.ПоступлениеТоваровУслуг КАК ПоступлениеТоваровУслуг
    |    ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИЕНИЕ Справочник.Кос_ТипыПоступления КАК Кос_ТипыПоступления
    |     ПО ПоступлениеТоваровУслуг.Кос_ТипПоступления = Кос_ТипыПоступления.Ссылка
        |ГДЕ
        |    ПоступлениеТоваровУслуг.Дата МЕЖДУ &ДатаНач И &ДатаКон