В продолжении темы
Ошибка в базе возникает такая же ошибка - "вызов обновления менеджера конфигурации не из конфигуратора" при входе в 1с.
Возникает в случайное время, потом сама собой проходит через минут 10.
Возможно из-за динамического обновления.
Платформа 8.3.9.1818, ошибка стала возникать после снятия режима совместимости, когда обновили БСП до последней версии. Конфигурация дописанная на основе Консолидации.
В интернете ничего не нашел. На сайтах 1с тоже глухо.