Какое преимущество имеет использование нескольких наборов данных в СКД? Понятно, что иногда бывает нужно соединить несколько источников данных - например запрос с данными внешнего источника. Но для чего делают несколько источников - запросов и потом объединяют их средствами СКД, что это дает в сравнении с обычным соединением в запросе?

читабельность

Например, передать параметр из одного запроса в другой, такой аналог коррелирующего запроса.
Ещё для иерархий это используется, это навскидку.

(0) классический пример http://catalog.mista.ru/public/77568/

Для корректного расчета итогов

+(4) https://its.1c.ru/db/metod8dev/content/2635/hdoc

чтоб не писать здоровый запрос, разбиваешь на два логических.

Ради специфичного расчета итогов, чтобы они считались не как в запросе, а при соединении убирались дубли.