При синхронизации УТ11 с Бух. 3.0  в реализациях которые в УТ созданы по соглашению (без договора), при выгрузке их в бухгалтерию там создаётся новый договор с датой и номером выгружаемой реализации, несмотря на то, что у контрагента есть основной договор в Бухгалтерии. Мне нужно сделать так, чтобы не создавался новый договор в том случае если у контрагента есть любой другой договор в бухгалтерии. Как это можно это реализовать, нужно ли ковырять планы обмена или нужно где-то галочку поставить?

Если обмен через универсальный формат, то смотри в общем модуле МенеджерОбменаЧерезУниверсальныйФормат ПКО на получение договоров, если УТ старая (<11.2), то правила обмена.
Без новых правил или нового модуля обмена через универсальный обмен такое скорей всего не решить.

(1) МенеджерОбменаЧерезУниверсальныйФормат получается